Mặc dù IMAP khắc phục được nhiều thiếu sót của POP, nhưng điều này vốn đã giới thiệu sự phức tạp bổ sung. Phần lớn sự phức tạp này (ví dụ: nhiều máy khách truy cập cùng một hộp thư cùng một lúc) được bù đắp bằng các cách giải quyết phía máy chủ như Maildir hoặc phụ trợ cơ sở dữ liệu.

Đặc tả IMAP đã bị chỉ trích là không đủ nghiêm ngặt và cho phép các hành vi phủ nhận tính hữu dụng của nó một cách hiệu quả. Chẳng hạn, thông số kỹ thuật nói rằng mỗi tin nhắn được lưu trữ trên máy chủ có một "id duy nhất" để cho phép khách hàng xác định các tin nhắn mà họ đã thấy giữa các phiên. Tuy nhiên, đặc điểm kỹ thuật cũng cho phép các UID này bị vô hiệu mà không bị hạn chế, thực tế đã đánh bại mục đích của chúng.[16]

Trừ khi các thuật toán lưu trữ và tìm kiếm thư trên máy chủ được triển khai cẩn thận, khách hàng có khả năng tiêu thụ một lượng lớn tài nguyên máy chủ khi tìm kiếm các hộp thư lớn.

Các máy khách IMAP4 cần duy trì kết nối TCP / IP đến máy chủ IMAP để được thông báo về sự xuất hiện của thư mới. Thông báo về việc gửi thư được thực hiện thông qua báo hiệu trong băng tần, điều này góp phần vào sự phức tạp của việc xử lý giao thức IMAP phía khách hàng.[17] Một đề xuất riêng, đẩy IMAP, sẽ mở rộng IMAP để triển khai e-mail đẩy bằng cách gửi toàn bộ thư thay vì chỉ một thông báo. Tuy nhiên, việc đẩy IMAP thường không được chấp nhận và công việc IETF hiện tại đã giải quyết vấn đề theo những cách khác (xem Hồ sơ Lemonade để biết thêm thông tin).

Không giống như một số giao thức độc quyền kết hợp các hoạt động gửi và truy xuất, gửi tin nhắn và lưu một bản sao trong thư mục phía máy chủ với ứng dụng khách IMAP cấp cơ sở yêu cầu truyền nội dung thư hai lần, một lần đến SMTP để gửi và lần thứ hai đến IMAP lưu trữ trong một thư mục thư đã gửi. Điều này được giải quyết bằng một bộ tiện ích mở rộng được xác định bởi IETF Lemonade Profile cho thiết bị di động: URLAUTH (RFC 4467) và CATENATE (RFC 4469) trong IMAP và BURL (RFC 4468) trong SMTP-SUBMISSION. Ngoài ra, Courier Mail Server cung cấp một phương thức gửi không chuẩn bằng IMAP bằng cách sao chép thư đi vào thư mục hộp thư đi chuyên dụng.[18]